Свою педагогическую карьеру он начал учителем физики в Юргамышской средней школе, через два года стал заместителем директора по воспитательной работе, а в 26 лет возглавил школу, которую когда-то закончил. Затем его пригласили в Юргамышский отдел народного образования, а позже - отдел образования Курганского облисполкома. Спустя четыре года он стал первым заместителем, а в девяносто пятом году - возглавил Главное Управление образование области. Борис Куган защитил кандидатскую и докторскую диссертации, опубликовал более восьмидесяти научных работ по проблемам образования. Он имеет орден "Отличник народного просвещения" и почетное звание "Заслуженный учитель Российской Федерации". Сейчас Борис Куган назначен ректором института повышения квалификации работников образования.